Aksaray Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü, 17.03.2006 tarih ve 5467 sayılı kanun ile kurulmuş ve 2008 yılında akademik faaliyetlerine başlamıştır. Enstitümüzde Yüksek Lisans ve Doktora öğretimi 2547 Sayılı Yükseköğretim Kanununun amaç ve ilkeleri doğrultusunda “YÖK Lisansüstü Eğitim-Öğretim Yönetmeliği” ve “Aksaray Üniversitesi Lisansüstü Eğitim ve Öğretim Yönetmeliği” hükümleri çerçevesinde yürütülmektedir. Enstitünüzün temel amacı  Fen ve Mühendislik Bilimleri alanında sürdürülen lisansüstü eğitimi düzenlemek, bilimsel ve teknolojik gelişmeleri izleyerek lisansüstü çalışma ve projelere yön vermek, öğrencilerini güncel konularda ileri araştırmalara yöneltmektir.
 
Halen enstitümüz bünyesinde 16 tezsiz yüksek lisans, 20 tezli yüksek lisans ve 13 doktora programı açık olup, 2019-2020 Eğitim Öğretim Yılı Güz dönemi itibari ile Tezli Yüksek Lisans programlarında 580 öğrenci, Tezsiz Yüksek Lisans programlarında 70 öğrenci, Doktora programlarında 92 öğrenci olmak üzere toplam 742 öğrenci eğitim-öğretim faaliyetine devam etmektedir. Kuruluşundan günümüze kadar toplam 1131 öğrenci Lisansüstü programlarımızdan mezun olmuştur. Enstitümüz, çağdaş bilim ve teknolojinin gelişmesini takip ederek kazanımlarını uygulama alanlarına aktarabilecek nitelikli Yüksek Lisans ve Doktora öğrencisi yetiştirmek üzere hızlı bir gelişme içindedir.